La città di Zilina si estende nella valle del fiume Vah e nella vallata di Zilina. Il territorio della città fu popolato già nell'età della pietra (20.000 anni fa), nell'età del bronzo, del ferro e durante il periodo romano. Nel V secolo si stabilirono per sempre gli Slavi.
La prima notizia della città risale al 1208, è si trova nel documento del prefetto di Nitra Tomas con il nome di "Terra de Selinan". Il nome Zilna compariva nei documenti storici del 1297.
Il 12. luglio 1321 il re Carlo Roberto I d'Anjou diede a Zilina i diritti di città regia libera. Nel 1357 il re ungherese e polacco Luigi I il Grande diede alla città l'importante diritto di organizzare il mercato annuale 
(il così detto "jarmok"), che fu di stimolo per la prosperità del commercio, degli artigiani e per la prosperità degli abitanti nella città. Lo stesso sovrano in maggio del 1381 pubblico un documento molto importante chiamato Privilegium pro Slavis, in cui parificava gli abitanti di Zilina slovacchi con i coloni tedeschi.
Il XV secolo significò per la città ricchezza economica ma generò anche situazioni sociali difficili e problemi nazionali. In questo secolo Zilina perdette il diritto di città regia ed diventò una città provinciale. Questi ma anche altri eventi storici furono scritti nel Libro di Zilina (1378-1561). Questo libro che tratta problemi di legge e della lingua ha un'importanza notevole a livello Europeo. E' scritto in tre lingue, ci sono annotazioni in latino, tedesco e slovacco, e vi si trova la più antica registrazione esistente in lingua slovacca (1451).
Il XVI e XVII secolo fu per la città un periodo di stabilità e di sviluppo economico, di crescita professionale e del commercio. La fine del XVII secolo significò per Zilina, come per molte altre città in Slovacchia, la fine della prosperità economica e la decadenza sociale, che durò fino al XIX secolo.
