La Slovacchia è ricca di flora, fauna. I boschi coprono il 36% dell'intero territorio slovacco. Dato l'enorme numero di animali e di vegetazione, interi territori sono protetti.
Le zone più importanti sono i parchi nazionali. In Slovacchia ci sono 9 parchi nazionali e 14 riserve regionali protette.
- Parco nazionale di Muranska planina
- Parco nazionale di Poloniny
- Parco nazionale del Carso slovacco
- Parco nazionale degli Alti Fatra
