La fondazione di Bratislava come centro strategico per l'economia, la cultura e la vita politica, in contrapposizione e in concorrenza ad altri importanti centri europei, non è stato un caso. La sua posizione era molto favorevole, perché si trovava all'incrocio di numerose strade commerciali e questo era fondamentale perché sorgessero centri abitati. Secondo le ricerche archeologiche le prime colonie hanno avuto origine nel paleolitico, cioè 5000 anni prima della nascita di Cristo. Più tardi la città medioevale è nata sulla sede fortificata dei Celti (Oppidium). Questa colonia celtica era addirittura tre volte più grande rispetto alla città medioevale. Nel V secolo d.c., dopo una breve parentesi di un insediamento romanico, nella zona dove ora sorge Bratislava si stanziarono i primi insediamenti di Slavi. Le prime fonti storiche che parlano dell'attuale Bratislava risalgono al 907, allora chiamata Bresalauspruch.
Durante X e XI secolo il territorio di Bratislava divenne a poco a poco parte del nascente stato Ungherese. Nel 1291 il re Ungherese Andrea III concesse a Pressburgo (Bratislava) i "privilegi cittadini", e cioè il titolo di città indipendente, l'autonomia nella scelta di proprio "sindaco", e altre importanti prerogative come la possibilità di sviluppare un proprio mercato libero e indipendente. Bratislava fu dichiarata una città regia libera nel 1405 dal re Sigismondo di Lussemburgo, che consentì alla città di usare il suo stemma nel 1436. Nel 1465 il re Mattia Corvino vi fondò la prima università ungherese e slovacca (l'Accademia Istropolitana).
Dopo l'occupazione turca di Buda, nel 1536 Pressburgo divenne la capitale dell'Ungheria. Durante più di duecento anni sono stati incoronati nel Duomo gotico di San Martino 11 sovrani e 8 moglie di re. Tra i sovrani incoronati la più famosa è stata sicuramente l'imperatrice Maria Teresa, che spesso risedeva a Presburgo. Sotto il suo regno la città si svegliò, e conobbe il suo periodo più fiorente. L'aspetto della città cambiò notevolmente, con la costruzione di sontuosi palazzi che ancora oggi possono essere ammirati. In questo periodo la città fu frequentata anche da famosi personaggi della musica, come ad esempio Haydn, Mozart, Beethoven e più tardi anche da Listz.
Nel XIX secolo la città di Pressburgo fu testimone di alcune importanti vicende storiche. Nel 1805 dopo la battaglia dei tre imperatori presso Austerlitz (l'attuale Slavkov nella Boemia) fu firmata nella sala degli Specchi del palazzo Arcivescovile la pace tra Napoleone Bonaparte e l'Imperatore austriaco Francesco I (detta appunto Pace di Pressburgo). Quaranta anni dopo fu firmata nella stessa sala il documento che aboliva la servitù.
Il 1° gennaio 1919 la città, con il nome slovacco di Bratislava, entrò a far parte della nuova Cecoslovacchia. Ma solo nel 1968 Bratislava diventa la capitale della Slovacchia, dopo la firma della legge che sanciva la Cecoslovacchia come una federazione di due repubbliche distinte (la repubblica Ceca e quella Slovacca). La divisione avvenne poi in modo definitivo il 1° gennaio 1993, quando Bratislava divenne la capitale dell'indipendente Repubblica Slovacca.
