Le scoperte archeologiche documentano che la città e i suoi dintorni furono popolate già nell'età della pietra. Furono trovate anche antichi insediamenti di popolazioni dell'età del bronzo e degli Slavi dell'epoca della Grande Moravia. Sotto la collina chiamata Vecchia Levoca gli archeologici hanno dissotterrato le fondamenta di una chiesa romanica della lunghezza di 23,5 m, la larghezza della navata raggiungeva i 12 m mentre l'abside gli 8 m. Si trattava della chiesa di San Nicola costruita a cavallo dell'XI e XII. secolo.
La prima scritta della città risale al 1249 nel documento del re ungherese Bela IV. Nel 1271, dopo un'ondata di immigrazione sassone, la città di Levoca è diventata il capoluogo amministrativo della regione Spis. La posizione favorevole della città, la possibilità di usare i diversi diritti e vantaggi, ma soprattutto il diritto di deposito del 1323 hanno contribuito allo sviluppo e alla prosperità economica della città. Nel 1323 Levoca divenne una città regia libera e risultava tra le città note più importanti della Slovacchia. Fra il 1370 e il 1410 fu fortificata con mura. Il XV e XVI secolo, nonostante per la parziale decadenza, fu per la città un periodo di sviluppo dell'architettura, della civiltà, della cultura, e dei mestieri, diventando un centro nevralgico dell'Ungheria del nord.
Per tutto il XVII e l'inizio del XVIII secolo le fortune di Levoca si ribaltono in seguito a una fallita insurrezione anti-asburgica, alle guerre e alla peste. Il commercio ne risentì molto di questo periodo di ristagno. Solo la stampa dei libri rimase a un buon livello. Dalla tipografia dei fratelli Brewer usci, oltre diverse stampe, anche il capolavoro Orbis pictus dall'autore Jan Amos Komensky, scritto in quattro lingue, decorato tramite xilografia.
Nel 1950 il centro storico di Levoca fu dichiarato zona civica protetta e nel 2009 insieme con il lavoro del Maestro Paolo è stata inclusa nella lista del patrimonio dell' UNESCO.
