La città di Nitra è la culla del cristianesimo e della letteratura e del sapere degli Slavi. E' situata sotto il colle Zobor, ai piedi della catena dei monti Tribec. L'inizio della colonizzazione di Nitra risale all'epoca preistorica e già 30.000 anni fa il suo territorio è stato molto popolato. Le colonie dei primi contadini si stanziarono già 6000 anni fa. Nel IV secolo a.c. vi si stabilirono per lungo tempo i Celti ed alla fine del V secolo d.c. hanno cominciato popolare questo territorio i primi Slavi.
Vi fu creato il principato di Nitra del re Pribina. Più tardi questo principato si unì con il principato della Moravia del re Mojmir intorno all'anno 833 e poi insieme crearono una formazione statale feudale molto forte conosciuta come l'impero della Grande Moravia. Durante il regno di Pribina fu consacrata nel 826-828 la prima chiesa. Il più importante avvenimento nella storia dell'impero della Grande Moravia avvenne durante il regime del principe Rastislao quando, nel 863, arrivarono due preti dalla Byzantia, Costantino (Cirillo) e Metodio. I due portarono la fede cristiana, crearono la prima scrittura slava - alfabeto glagolitico, ed tradussero i testi liturgici nella prima lingua slava.
Nel periodo medioevale la città di Nitra fu testimone di eventi storici molto importanti, ma fu anche spesso distrutta da diversi eserciti, ed anche per questo problema mancano documenti scritti di questo periodo. Il più importante cimelio sono le cosi dette le lettere di Zobor del 1111, le quali testimoniano l'esistenza del monastero dei Benedettini, (il più antico monastero in Slovacchia) ed anche l'esistenza della prima scuola in Slovacchia, fondata accanto al monastero. Nel 1248 il re Bela IV ha dato alla città di Nitra i diritti di città regia libera. Questi diritti però non sono durati a lungo, perché solo 40 anni dopo il re Lodovico IV regalò la città alla diocesi di Nitra. Nitra nel medioevo era divisa in città Alta e città Bassa. La città Bassa fu ulteriormente divisa in quartieri indipendenti con i propri sindaci ed i propri timbri comunali. 
